1. Hội đồng khoa học – công nghệ 2. Ban điều hành gồm: - Viện trưởng - Phó Viện trưởng 3. Các phòng chuyên môn - Phòng Kế hoạch – Hành chính – Tài chính - Phòng Nghiên cứu – Triển khai về công nghệ môi trường - Phòng Nghiên cứu – Triển khai về khoa học môi trường 4. Chi nhánh của Viện - Chi nhánh miền Bắc - Văn phòng đại diện tại miền Trung