- Quy hoạch thủy lợi phải phù hợp với quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội đồng bằng sông Cửu Long, quy hoạch phát triển ngành, lĩnh vực; làm cơ sở thực hiện quy hoạch chuyển đổi sản xuất nông nghiệp, thủy sản, lâm nghiệp, điều chỉnh các quy hoạch khác có liên quan, đáp ứng yêu cầu và thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội, đảm bảo an ninh quốc phòng, trật tự an toàn xã hội; từng bước ứng phó biến đổi khí hậu - nước biển dâng.
- Quy hoạch thủy lợi nhằm góp phần khai thác, sử dụng hiệu quả, bảo vệ và phát triển nguồn nước ở thượng lưu và vùng lân cận; kết hợp hài hòa giữa giải pháp công trình và phi công trình; hạn chế các tác hại do nước gây ra, nhất là lũ lụt và xâm nhập mặn trong điều kiện biến đổi khí hậu - nước biển dâng; bảo vệ môi trường và phát triển bền vững.
- Đầu tư xây dựng hệ thống thủy lợi đồng bộ, khép kín; phục vụ đa mục tiêu, lợi dụng tổng hợp, phát huy các lợi thế, thế mạnh của vùng; đảm bảo tính thống nhất toàn vùng và phù hợp với đặc thù của từng khu vực trong vùng.
- Tận dụng hiệu quả lợi ích do các nguồn thiên nhiên mang lại như nước lũ cung cấp phù sa, nguồn lợi thủy sản nước ngọt, vệ sinh đồng ruộng; nước mặn với rừng ngập mặn, nguồn lợi thủy sản và hệ sinh thái nước mặn.
- Huy động mọi nguồn lực từ ngân sách nhà nước, các nguồn vốn hợp pháp khác trong nước và ngoài nước, đồng thời huy động sự đóng góp của người dân để đầu tư xây dựng công trình thủy lợi.
- Tôn trọng Hiệp ước Mê Công và các điều ước quốc tế có liên quan trong đầu tư xây dựng công trình thủy lợi, đảm bảo hài hòa lợi ích giữa các quốc gia, khu vực trong vùng.